膽管結石手術目前一般在診斷明確、病情穩定時候手術，比較成熟和安全。目前病情急診發作時期，比如梗阻性膽管炎甚至膽道休克時一般先行經皮肝膽道穿刺膽汁引流，或者經內鏡膽管膽汁引流。方法簡單，安全有效，等待患者病情穩定後再考慮行二期手術。

目前主要膽管手術方法是經內鏡膽道取石，此方法簡單安全，不需要經腹部手術就可以取出結石，尤其適用於老年患者。目前對於膽管結石醫院常規行腹腔鏡微創手術。