小兒腦萎縮的治療方法主要有去除病因、認知障礙治療、行為障礙治療等。小兒腦萎縮是腦組織器質性病變的終末表現，確診後要積極遵醫囑治療。
1、去除病因：小兒腦萎縮可由多種疾病引起，例如腦缺氧、外傷、出血、感染、代謝異常、腦白質病、藥物及放射線損傷等，要先針對原發病進行吸氧、清創、止血等處理；
2、認知障礙治療：主要有作業療法、電腦輔助和虛擬認知康復、電磁刺激等。一般醫生會根據小兒情況制定合理的治療方案，提高小兒認知功能，同時也會輔助認知功能訓練，如記憶訓練、注意訓練、思維訓練等，儘可能幫助小兒提高智力；
3、行為障礙治療：治療目的主要是設法消除小兒不正常的行為，幫助小兒迴歸正常生活。
小兒腦萎縮並沒有特效藥物治療。
此外，家長也要注意對小兒的心理照顧、生活管理、飲食管理等，要多給小兒關愛，日常要保證小兒作息規律，有充足睡眠，不要固定相同的姿勢太久，應該經常變換活動方式。飲食方面不宜吃過度加工的食物，比如零食、醃肉等。
如果小兒腦萎縮能早期發現、早期進行積極治療等，可使部分小兒功能達到臨床治癒的標準，也能縮短小兒康復期，阻止病情持續進展。