乳腺多發性囊腫是由於機體的激素水平異常紊亂引起，較為常見且不嚴重，屬於良性病變，惡變率低於1‰。部分囊腫隨著年齡增長、乳腺退化，可自行消失。囊腫不大，需定期到醫院複查，做乳腺彩超來了解囊腫的變化情況，通常情況不需要手術治療，而手術也無法將所有囊腫均切除乾淨。

若能觸及較大的囊腫，治療上可手術切除，彩超可見的囊壁有腫物或者乳頭狀突起時，也需要進行手術活檢來除外惡性的可能，可定期進行乳腺彩超、乳腺鉬靶檢查。因乳腺彩超沒有輻射，所以定期乳腺彩超最為常用。總體而言，乳腺囊腫的癌變幾率極低。