乳腺囊腫本身是良性疾病。乳腺囊腫是位於正常腺葉或導管之間的類圓形結構。此種結構有一層囊壁，非常薄，內部是一層液體，囊壁會不停分泌。因此囊腫會越來越大，最後甚至部分病人的囊腫會突出於腺體表面。因此在判斷乳腺囊腫時，需要結合影像學檢查，如果超聲提示囊腫僅為1類或2類時，可以不進行任何處理。而如果是生長得較大的囊腫，儘管是2類時，可以考慮進行手術，不然在囊腫凸起到乳腺表面時，可能會影響到美觀。

乳腺囊腫已經發生其它病變，如囊壁發生增厚，或囊內已經生長出其它實性結節。此時，患者需要進行手術活檢，因為長期囊壁增厚可能會導致其它病變，甚至可能會導致惡性腫瘤的發生。如果超聲提示是4類甚至5類的囊實性病變，需要非常重視以及早期進行手術，排除癌症發生。