乳腺囊腫由於位於乳腺內部，因此在消除時需要選擇有創方式。通常臨床專科醫生在選擇做乳腺囊腫手術時，如果囊腫在2cm內，可以推薦病人選擇微創手術。微創手術是用大概手指粗細的活檢針穿刺到乳腺內部，在乳腺囊腫下方將囊腫壁進行完整吸除，同時對內部液體進行吸除，從而可以將乳腺的囊腫進行完整切除。另外，對於2cm以上的囊腫，由於微創手術可能會引起殘留，所以會選擇進行開放性手術，即皮膚上做小刀疤，再把腺體剝開，將腺體內部囊腫進行完整剝離。

進行微創手術或開放手術對於臨床醫生最重要是讓囊壁獲得完整切除，因為囊壁本身有分泌液體功能，如果殘留囊壁在腺體內部，依然會分泌液體，最終在一定時間內，或幾個月、半年時間內會形成新囊腫。如果發生此種情況，則並沒有達到手術目的。因此在與病人溝通時需要充分獲得病人認可，需要告知病人在選擇手術方式時需要保證能夠將囊壁完整切除。