腦溢血和腦血栓，是完全不同的兩個概念。腦溢血指供應頭部的血管因為局部的外力、高血壓以及其他原因，比如系統性疾病、血管畸形等，使血管破裂、出血。腦血栓原因有多種，包括高血壓、糖尿病、高脂血症，長期抽菸、飲酒等，因為各種原因導致血管局部急性阻塞或明顯狹窄。

腦血栓是血管被堵住使遠端腦組織的供血產生障礙，由於缺血而出現壞死。腦溢血是因為血管破裂後血液流出，也會使遠端的供血腦組織產生缺血，同時腦出血還會局部的壓迫周圍腦組織而產生臨床徵兆，所以腦溢血和腦血栓是兩個相反的發病機制。