腦血栓即腦梗死，也稱為中風或卒中，發生中風不建議使用CT檢查。CT檢查對血腫敏感性較高，可發現腦出血，但不能發現腦血栓。急性期腦梗死在CT上不顯影，病灶較大的腦梗死CT顯影需要在發病24-48小時後才可出現，而對較小的病灶CT仍然不能很好顯示。

對於腦血栓最好的檢查辦法是核磁共振，核磁共振在2個小時左右就可以發現腦內的病灶。