腦血栓防重於治，且要分階段而言。長期臥床、不能活動或有其它容易形成血栓原發疾病的患者，要注意下肢血栓形成，必要時進行彩色多普勒的檢查。疑似腦血栓發生的患者，優先選擇顱腦CT平掃，這是幫助鑑別腦出血、腦腫瘤等疾病的首選方法。對於急性小梗死病灶，優先應該選擇核磁共振，患者還要進一步完善血糖、血脂、肝腎功能、電解質、心電圖、心肌酶譜、血常規、凝血功能、血氧飽和度等檢查，以快速確定病因與分型，便於診治方案的制定與調整，以及對於患者預後的判定。

血栓形成時期，尤其是既往有高血壓、高血脂等基礎疾病的患者，平時要關注兩個部位的斑塊，即頸動脈粥樣斑塊形成和冠狀動脈粥樣斑塊形成，這兩個部位的活動性斑塊是發生腦血栓的隱形殺手，同時定期監測血壓控制情況，血脂、血糖的穩定情況。對於特殊用藥的患者，比如降脂藥、抗凝藥物、抗血小板藥物的使用，要關注本身凝血、肝腎功能情況，防止肝腎功能損害及其它臟器出血。