腦血栓形成和腦栓塞均屬缺血性腦梗死，是局部腦血流障礙後，供應區域腦組織神經元細胞缺血、缺氧性壞死，出現的局灶性神經功能缺損症狀。

二者病因不同，腦血栓形成主要是原位血栓，即動脈粥樣硬化斑塊逐漸增大，使血管管腔狹窄、血流供應減少、血管閉塞，導致缺血性卒中。腦栓塞主要是其他來源的栓子通過血流運輸至局部腦血管後，堵塞血管引起血流障礙。常見腦栓塞栓子的來源主要是心源性栓子，如心律失常或風溼性心臟病患者，還有脂肪栓塞、空氣栓塞、羊水栓塞、癌栓等。