腦血栓後遺症包括肢體運動和感覺障礙、言語不清、吞嚥困難、卒中後抑鬱等。針對這些後遺症的康復治療包括康復醫療處置、物理療法、作業療法、言語治療、心理治療和矯形器治療等，康復醫療處置主要指處理康復腦卒中患者的各種臨床問題。物理治療強調通過反覆訓練包括運動訓練改善患者的活動能力，使患者能夠獨立翻身、起坐，站立和行走等，物理治療包括電療、光療、磁療、水療等。

作業療法著重於訓練獨立完成穿衣、吃飯、洗漱等日常活動，提高患者的生活自理能力，言語治療可以提高患者語言和非語言表達能力。心理治療是對腦卒中繼發抑鬱或焦慮患者進行心理疏導及藥物治療，患者出現足下垂及內翻時，可以加用踝足矯形器治療。

康復治療由康復治療師和康復護士共同組成，針對患者各方面問題進行分析、評定，制定個體化康復治療方案，開展綜合、全面、系統的康復治療。