75%的腦血栓病人均遺留不同程度的後遺症，根據病情表現而決定。如部分病人可能存在失語，特別是表達性失語或理解性失語病人，後遺症可能較為嚴重，難以恢復，因為言語是人類高級中樞，所以恢復較為困難，但只要有毅力，堅持鍛鍊，有部分改善的可能性。此外，較嚴重的後遺症是肢體癱瘓，特別是大面積腦梗死病人或腦幹梗死病人，可能均遺留偏癱後遺症、運動障礙，無法下地行走，可能需要家人照料。

部分病人可能存在吞嚥困難，可能需通過鼻飼、長期胃管給予胃腸道營養，以維持營養所需。部分病人可能遺留肢體麻木，特別是丘腦梗死病人，可能運動並無問題，但主要感覺為存在不適，偏側肢體或一側肢體存在表達不出的不適，而此類感覺障礙也留有不同程度的後遺症，恢復存在一定困難。部分病人可能表現是關節疼痛，因肢體癱瘓後關節攣縮，肢體表現疼痛，如關節疼痛，肘關節活動後較為疼痛。