腦幹梗死的主要影響，一般與腦幹結構有關。腦幹內有上行網狀激活系統，腦幹梗死時會累及該系統而影響患者的意識狀態，出現昏迷、嗜睡、昏睡等臨床表現。腦幹還存在神經核團如運動神經核團、動眼神經核團、面神經核團等，病變累及以上核團時，可能出現眼球運動障礙、面癱、舌部運動障礙等。

同時腦幹中有傳導束，如錐體束、錐體外系傳導束等，累及錐體束時會出現所支配肢體的活動障礙，如肢體無力、偏癱等。另外，腦幹內有網狀結構，包含具有調節呼吸、心跳作用的核團，累及以上核團時會出現呼吸節律改變或心跳、血壓功能改變等，進而出現相關臨床症狀。