腔隙性腦梗塞實際上稱為腔隙性腦梗死，指穿通動脈梗死。腦血管通常是皮層支和穿通支為腦部細胞供血，腦部血管沿著大腦表面走行，在大腦中間不斷髮出穿通動脈，給腦子深部的腦組織白質供血，稱為穿通動脈。

穿通動脈閉塞後會出現小的軟化灶，通常稱為腔隙灶，為0.5-2cm大小。現在發現穿通動脈也有分支，如果穿通動脈主幹較多，分支較大，也可能>2cm。腦血管堵塞後，腦細胞缺血壞死，壞死的細胞被吞噬細胞吞噬之後就形成空腔，空腔中充滿腦脊液，做CT和核磁時，發現有腔隙性的腦軟化灶或者腦梗死灶。