腔隙性腦梗塞的治療，目前沒有特異的治療方法，關鍵在於防治高血壓。動脈粥樣硬化和糖尿病、純感覺性卒中的主要病理是血管、脂肪透明變性，聚酯細胞內充滿含鐵血黃素。提示出現紅細胞外滲，應禁止使用肝素等抗凝劑，但是可以應用阿司匹林雙嘧達莫。對於純運動性卒中，一般較少發生血管、脂肪變性，因此可以應用肝素，但是要警惕出血傾向。

發生腦梗死後，常會有器質性重症抑鬱。應用抗抑鬱藥物，患者常會產生不易耐受的狀況，一般推薦使用5-羥色胺再攝取抑制劑，對於治療卒中後的重症抑鬱，比較安全有效，並且沒有明顯的不良反應。無症狀性的腔隙性腦梗塞，主要是針對危險因素進行治療，如高血壓、糖尿病、心律失常、高脂血症、高黏血癥及頸動脈狹窄等，要積極進行治療，可以降低複發率。