松果體區的細胞瘤應當以手術治療為主。該腫瘤病理特性對放療不敏感，部分患者在腦室附近分流術後雖然顱內壓不高，但中腦受壓的體徵很明顯，只有直接手術切除腫瘤才能解除對腦幹壓迫。通過手術能獲得較大的腫瘤標本，對病灶性質的瞭解更全面，手術也可以最大限度的縮小腫瘤體積，以利於術後其他輔助治療。

根據腫瘤的發展方向可以採取不同手術入路，松果體腫瘤常見手術入路包括幕下小腦上入路、枕葉下經天幕入路、經縱裂胼胝體後部入路，可根據腫瘤性質、位置、擴展方向和術者對入路的熟悉程度採取相應入路。

腫瘤未能全切且腦脊液循環梗阻未能解除，應當及時進行側腦室腹腔分流做輔助治療，術後還可以給予放射治療。