部分患者腦血管畸形介入手術後可能會出現頭痛，引起頭痛的原因是由於血管畸形所在的位置，靠近腦膜的血管畸形可能出現頭痛。此外，栓塞劑對腦組織有一定刺激，也有一部分患者會出現頭痛。

引起頭痛最擔心的是栓塞後出現出血引發頭痛，即腦出血或腦水腫，是栓塞後很嚴重的併發症，會有頭痛的表現，但也有一部分患者栓塞後沒有頭痛症狀。