先天性腦血管畸形的治療相對比較複雜，首先應通過檢查由醫生判斷先天性腦血管畸形是否需要治療。因為並非是所有的血管畸形都需要治療，部分先天性的腦血管畸形可以不進行治療，比如靜脈畸形一般都不需要治療。對於海綿狀血管畸形如果不出血，沒有引起相應的症狀，完全可以通過觀察，而不需要治療。還有部分患者的腦動靜脈畸形毫無症狀，也是可以進行觀察，不一定需要治療。但是如果是引起一些症狀，比如血管畸形出血，導致患者癲癇，或者是導致患者出現功能障礙，對於此類血管畸形一般需要治療。具體的治療方式應該在腦血管畸形分類診斷明確以後，才能針對病情進行治療。