顱咽管瘤手術後遺症較多，最常見的有視力喪失、下丘腦功能損傷。可以是雙側或單側的視力喪失，也可以是部分視野缺失，主要與腫瘤對視神經、視交叉的壓迫有關。手術中會盡量在保護視神經的前提下，進行腫瘤切除。但有時因腫瘤鈣化，與視神經交叉視束粘連較密，導致難以保存視神經、視力。

另外手術後，患者會出現垂體功能低下、下丘腦功能受損。患者會表現為多飲、多尿，即不能控制尿量，代謝紊亂，如水鹽代謝紊亂，長期低鈉、高鈉，都需到醫院進行處理。內分泌功能也屬垂體功能的一部分，內分泌功能障礙會導致患者不能夠長高，性發育受阻。需到專科門診進行診斷治療使用相應的激素替代治療，在專科醫生的指導下對手術後遺症進行矯正。