腦積水是顱咽管瘤生長所產生併發性症狀，並不是顱咽管瘤直接造成，是否會造成腦積水是由其生長方向以及手術切除方式決定。顱咽管瘤生長位置主要位於鞍上區域，部分顱咽管瘤生長體積較大，會向上進入三腦室，進而影響腦脊液循環，術前出現梗阻性腦積水情況。

對於顱咽管瘤術後患者如果腫瘤再次出現復發，可能導致同樣三室梗阻、導水管阻塞導致腦積水症狀發生。由於經鼻或開顱術後導致局部手術區域粘連，同樣也可出現梗阻性腦積水。