顱咽管瘤手術難度大、複發率高，發現時腫瘤較大，多與下丘腦等重要結構粘連，手術易殘留，導致復發，還可能出現水電解質紊亂、尿崩症、激素水平下降、下丘腦反應等術後併發症，有研究表明4年複發率約為1/3，而國外文獻統計，10年複發率在10％-18％，實際複發率可能更高，影響複發率的因素如下：

1、腫瘤大小：腫瘤越大越難切除，切除不淨易復發；

2、生長部位：如膈下型，在鞍內可全切，基本不復發，鞍上型和腦室內型易復發，複發率比平時高；

3、術者水平：手術者水平高，腫瘤全切的幾率大，複發率低，甚至可治癒，初學者或手術經驗不豐富，複發率高。