兒童生殖細胞瘤的治療，目前採用的是多學科綜合治療模式，也就是MDT，原則上是手術聯合放療，除顱內的生殖細胞瘤外，其它不推薦放療。兒童生殖細胞瘤的治療週期，通常包括以下幾個階段：

1、新輔助化療期：也稱為術前化療，是指兒童在診斷生殖細胞瘤之後先給予化療，也就是等腫瘤縮小、邊界清楚後，有利於延期原發腫瘤的根治以及完整切除，有利於保留患者的器官功能、減少併發症，並儘可能消除隱匿的微小轉移灶，減少以後復發和轉移的可能；

2、圍手術期：也就是患者做好術前準備，手術切除腫瘤後，能減少或避免合併症的發生，促進或者等待傷口癒合；

3、術後輔助化療：患者在手術傷口癒合後進行化療，可以進一步殺滅遠處殘留轉移灶內的腫瘤細胞，或手術中殘留或脫落的腫瘤細胞，以及發生在循環中的腫瘤細胞，從而減少腫瘤的轉移及復發，提高患者長期無病的生存率。對於第一次手術後，未能完整切除腫瘤的患者，在化療後評估仍然殘留病灶者，可考慮二次手術。