引起腦幹出血的主要原因如下：

第一、高血壓，長期的高血壓會導致顱內的小動脈出現硬化，血管出現玻璃樣變，使得血管脆性增加，在血壓升高、情緒激動時，容易導致腦幹內的小動脈出血，從而導致腦幹出血。

第二、海綿狀血管瘤、動靜脈畸形等。腦幹內出血最常見的血管畸形為海綿狀血管瘤，由於血管瘤內的小血管壁較薄，血壓升高時血管容易出血，引起腦幹內出血。

第三、腦幹內腫瘤壞死伴出血，腦幹內的腫瘤一般為惡性腫瘤，為膠質瘤，腫瘤生長速度較快，容易併發腫瘤中心點的壞死、缺血出現腫瘤卒中，從而引起腦幹出血。