腦損傷綜合徵原因較多，具體如下：

1、早期原因：包括懷孕期間接觸有毒、有害物質，現在最常見如工廠做工接觸油漆、塗料和其它染料，懷孕期間工作區域存在輻射性物質以及接觸重大感染，如風疹病毒感染、弓形蟲感染導致胚胎發育不良。環境汙染嚴重導致孕婦反覆先兆流產、出血、保胎；

2、圍生期原因：主要存在重度窒息、難產，產程過長，羊水汙染、胎盤臍帶異常等；

3、後期原因：兒童生長發育過程中存在重症膽紅素腦病以及外傷、溺水、車禍等，都會導致腦損傷綜合徵。