如果小頭畸形的患兒不僅頭圍較小，而且頭部外形也有畸形，如前額內陷等。等到患兒長大以後，可以矯正顱骨畸形，如做相應的整形手術將內陷的顱骨整平，使頭部外觀看起來和正常的孩子相同。

如果小頭畸形患兒頭圍較小，但是頭部形狀和正常孩子相同，只需治療腦發育落後即可，可採用藥物、康復以及中醫的針灸等綜合治療。患兒單純的頭圍較小不需要治療，因為雖然頭部較小，但外觀較勻稱、正常。