小腦扁桃體下疝的手術風險，很多時候是指小腦扁桃體下疝畸形，這類手術的手術風險。一般小腦扁桃體下疝畸形可以引起脊髓空洞症，是一種緩慢進展性的疾病。這類手術在神經外科屬於有一定風險的手術，因為處理的病變位於顱頸交界區，同時由於後顱窩局部容積的狹小，在手術過程中一定要注意輕柔操作。手術風險主要是小腦、腦幹、脊髓的損傷，以及小腦後下動脈損傷，造成患者出現意識障礙、肢體麻木、平衡障礙等症狀。還有一些患者由於小腦後下動脈，甚至椎動脈的損傷，也可能會造成非常嚴重的後果。包括後循環供血不足、小腦、腦幹梗死等情況，使患者出現比較嚴重的肢體癱瘓，甚至昏迷的情況。

總體來講，小腦扁桃體下疝畸形，如果由經驗比較豐富的神經外科醫生進行處理，風險可控。對於絕大多數患者來說，手術治療的獲益顯著大於不進行手術所造成的神經功能障礙。