脊柱裂手術後遺症的情況，需要根據患者的病情來定。脊柱裂手術通常在神經外科的顯微鏡操作下進行，並且術中常會有電生理監測來保駕護航。總體上手術比較安全，不容易出現後遺症。特別是對於單純脊髓栓系、單純終絲增粗的患者，手術後通常神經症狀都能夠明顯緩解，也不容易出現後遺症。對於比較嚴重的脊膜膨出、脊髓脊膜膨出、脂肪瘤型的脊髓栓系患者，在手術之後有可能患者原有的神經功能障礙會加重。

因為長時間的病變，使神經受到一定程度的影響，神經可能已經發生變性。雖然在手術過程中，把病變進行了妥善的處理，但是神經對於這種輕微的騷擾仍然難以耐受，手術之後有可能出現下肢運動、感覺功能障礙、以及大小便功能障礙的加重，從而遺留下肢運動功能障礙，排便、排尿功能障礙，嚴重時還可能會出現大小便失禁的情況。還有部分患者會由於局部皮膚、傷口癒合不良，而造成腦脊液漏，造成感染和一些圍手術期的併發症。