腎結石微創手術後遺症與手術方式有關，具體如下：

1、體外衝擊波碎石：後遺症主要是血腫和腎臟萎縮。體外衝擊波建議不能超過3次，多次碎石可導致血管脆化、狹窄、腎臟萎縮；

2、輸尿管軟鏡：後遺症主要是結石殘留，結石打碎後需通過尿液和重力作用排出，存在不可控性，手術中沖洗導致腎臟內壓力較高，可出現感染、血腫等；

3、經皮腎鏡：風險較大，因腎臟血供豐富，術中出血可能性較大，還可導致感染、損傷脾臟、肝臟、直腸等臟器。