若患者由於腸胃炎而出現腹部絞痛時，可使用解痙攣藥物，如阿托品、654-2類藥物，對腸胃炎腹部絞痛有幫助。但腸胃炎治療非單一治療而為綜合性治療，如果僅用解痙藥解決腹痛，但腸胃炎本身未經過認真治療，腹部絞痛還可以繼續發生，因此需針對病因進行治療。

如果腸胃炎因細菌感染引起，需使用抗生素進行治療，主要根據病情的嚴重程度由醫生決定所採取治療方案。若輕症可口服喹諾酮類的抗生素，如左氧氟沙星、黃連素等。若症狀比較重，比如體溫達38-39℃時，此時需靜脈用藥，如頭孢類抗生素等。