高錳酸鉀可以治療細菌性龜頭炎，使用高錳酸鉀溶液清洗龜頭局部，可以抑制局部細菌的繁殖，起到控制炎症的作用。使用高錳酸鉀溶液清洗龜頭時，可以配合其他的抗菌素來進行治療，但是使用抗菌素前最好能夠有局部分泌物的培養，這樣可以明確是什麼細菌感染，針對性地選擇抗菌素。

高錳酸鉀提供一種酸性的環境，使細菌繁殖受到抑制，起到抑制局部炎症的作用。但對於真菌性的龜頭炎效果相對比較差，對於滴蟲性的龜頭炎治療效果也相對比較差，所以建議患者最好有局部分泌物的培養檢查，明確具體的感染病原菌以後再使用高錳酸鉀。另外，高錳酸鉀需要用水稀釋，如果稀釋的濃度過高，還有可能會導致局部化學性的損傷，造成局部炎症加重或出現局部疼痛、出血，有局部淺表潰瘍等風險。