男性在性交後，出現陰莖疼痛的原因，主要有以下幾種：

1、潤滑不足：性交前準備不充足，前戲不夠，導致女方陰道分泌液不足，便會出現陰莖摩擦困難、疼痛，甚至外傷；

2、性生活過頻：頻繁性生活會導致輸精管、精囊、尿道等器官經常性充血、水腫，射精時平滑肌收縮，便會造成疼痛；

3、疾病因素：有生殖系統及泌尿系統感染，如尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、精囊炎、附睪炎等時，射精時會使肌肉收縮對炎症病灶擠壓，便會引起疼痛。

建議性交前充分前戲，待女方陰道溼潤後再插入，保持陰部清潔，避免性生活過於頻繁。如果性交後疼痛仍無法緩解，建議儘早到正規醫院男科或泌尿外科就診檢查，明確病因，對症治療。