腦膿腫在形成包膜後，炎症趨於侷限化，此時患者的頭痛、體溫升高、腦膜刺激徵等急性炎症表現會有所減弱。若囊腫體積較大，周圍會形成大範圍水腫，引起顱內壓增高，患者仍會出現較為劇烈的頭痛、噁心、嘔吐、視乳頭水腫等顱內壓增高症狀。

在腦膿腫包膜形成後，患者進行增強磁共振檢查時可發現特徵性表現，包括腦實質內大小不一，或存在單發或多發的圓形囊性病變，囊壁均勻一致，與腦腫瘤的囊壁存在明顯區別。腦膿腫存在明顯的囊壁強化，中間位置發生明顯壞死，存在低信號區域，而在囊壁周邊還存在大範圍的指狀水腫。若存在上述典型影像學表現，加之患者存在感染病史及前驅症狀，通常可以診斷為腦膿腫。