腸胃炎吃頭孢還是阿莫西林，需依據病因決定。若腸胃炎並非由於細菌感染而引起，則患者無論頭孢還是阿莫西林均無法服用。而存在病毒感染的情況下，患者也無需服用藥物，否則會引起腸道菌群失調，從而加重腸胃炎情況。

若患者是由於細菌感染而引起的腸胃炎，應進行大便培養及藥物敏感試驗，觀察患者對於頭孢、阿莫西林的敏感情況。若患者對兩者均敏感，可根據藥物的價格、可及性、過敏史、藥物劑型及服用方法等綜合考慮。少數患者會出現阿莫西林過敏，表現為起皮疹、皮膚髮癢及黏膜水腫，此時患者應儘量避免選擇阿莫西林治療細菌性腸胃炎。