急性胃腸炎如果出現發燒可以應用抗生素，如喹諾酮類、青黴素類，以及抗厭氧菌的甲硝唑類。建議到醫院查血和便常規，明確有無炎症反應再服藥。也可給予退燒藥，但多數為非甾體類消炎藥，有可能會增加胃腸道刺激，還會有消化道出血的風險。

因此在體溫沒有超過38℃和38.5℃時，建議首選消炎、補充液體量、補充有效血液循環量，靜脈輸液或經口飲用補液鹽，沖淡毒素因子在體內的循環，可根據血常規以及便常規情況決定是否服用藥物。如果出現高燒等情況，可給予一定退燒藥，也可進行酒精擦拭緩解體溫升高。