隨著現代醫學技術的進步、顯微技術不斷的發展以及對蛛網膜囊腫疾病認識的不斷深入，目前蛛網膜囊腫手術風險已經不是很大，應該是神經外科較常規的手術。但任何手術都有一定風險，有時蛛網膜囊腫囊壁與血管粘連較緊密，手術可能撕破血管壁，出現出血或囊腫內容物流出，導致無菌性炎症，但此類情況目前較少見。

大部分蛛網膜囊腫都是在進行顱腦CT或磁共振檢查時無意中發現，無明顯臨床症狀，不會對患者造成危害，一般不需要進行任何治療。只有少部分蛛網膜囊腫會引起明顯臨床症狀，需要進行手術治療，手術治療方法包括直接切除囊腫和置管引流，療效較好。