蛛網膜囊腫一般無症狀，僅有約10%的蛛網膜囊腫患者會出現頭痛，主要是囊腫壓迫引起顱壓增高所致，建議服用顱痛定、布洛芬緩釋片或塞來昔布緩釋片控制症狀。部分患者頭痛原因尚不明確，絕大多數沒有症狀，都是意外發現。

大部分蛛網膜囊腫患者的頭痛與蛛網膜囊腫本身並無明顯關係，可能是高血壓引起的頭痛，年輕女性經期前頭痛或者緊張性頭痛。如果蛛網膜囊腫患者出現頭痛症狀，應該到醫院進行診治，鑑別疼痛是否由蛛網膜囊腫引起，如果是，則建議進行手術治療。