小兒顱內感染可分為輕重型，輕症通過對症處理，積極治療後多數未遺留後遺症。而嚴重腦炎可遺留危重後遺症，最常見後遺症即為小兒腦實質損害，可導致小兒偏癱、智力發育落後，或出現癲癇發作、聽力、視力喪失、精神行為異常、嚴重的智力、語言障礙等。

評估併發症和後遺症時要進行有效檢查評估，如磁共振明確頭顱有無實質性損傷。做聽力和腦電監測評估是否影響其它臟器，如腦炎後造成硬膜下積液。若未進行及時處理可導致腦實質受壓引起其它併發症，如肢體活動障礙等，因此需進行有效評估後，對可預防後遺症儘早干預。