發生慢性的尿路感染，治療中最重要的是抗炎、抗菌素治療。慢性尿路感染中最常見的是慢性上尿路感染，稱為慢性腎盂腎炎，其他慢性下尿路感染相對比較少見，但也存在慢性膀胱炎等情況。當慢性尿路感染髮生時，最根本、最關鍵的是要選擇合理的、敏感的抗菌素進行治療。

治療慢性尿路感染時抗菌素的使用時間，要比急性的尿路感染時間長。所以這時要求抗菌素有足量、足夠療程的治療，時間太短不能達到控制感染、預防復發的目的，有時可能需要延長到2-3個月。在長時間用抗菌素的過程當中，患者同時也要注意肝腎功能的保護。