如果醫生對於男性受檢者進行規範操作，則操作過程中患者的痛苦感較小；而女性尿道較男性短、寬，對於部分女性，甚至不應用局部表面麻藥也能完成膀胱鏡檢查，而且沒有痛苦。

膀胱鏡檢查疼痛程度與病人自身生殖解剖、自身病變、醫生的選擇，以及操作者技術、臨床經驗有關。如果男性進行膀胱鏡檢查，感受不適的程度會比女性病人更重，原因為其尿道相對長、細。膀胱鏡檢查需要在患者尿道黏膜應用表面局部麻藥，麻醉後5-10分鐘進行整個膀胱鏡的檢查操作。操作中操作者動作一定要輕柔，切忌暴力，對於尿道一定要按照正常腔道順勢而進。