胃潰瘍做病理檢查，通常屬於比較嚴重的情況，此時醫生會考慮是否為良性潰瘍或惡性潰瘍，即考慮存在癌症的可能性。內鏡醫生通常會對異常部分進行常規的活體組織檢查，以明確性質，比如在潰瘍時，如果醫生高度懷疑存在惡性潰瘍，會通過病理檢查確診潰瘍性質。病理活體組織檢查是胃部疾病的診斷的金標準，較多病變單憑胃鏡較難區分和確診，需要藉助病理學檢查確診。

通常情況下胃鏡對於可疑有病變的地方，會取下一塊組織，對其進行病理切片後，在顯微鏡下觀察組織細胞的形態以及腺體改變等。必要時可能還需要進行特殊的染色和標記，才能最終確診，因此對於胃潰瘍進行病理組織學的檢查，通常是醫生考慮患者可能存在惡性潰瘍，即癌症的可能性較大。