細菌性尿道炎應該服用抗生素進行治療，可以根據感染的細菌的類型選擇敏感的抗生素。臨床常用的抗生素包括頭孢菌素類的藥物或者左氧氟沙星、莫西沙星等喹諾酮類的抗生素。如果有支原體或者衣原體感染導致的尿道炎，要服用阿奇黴素等藥物進行治療。

如果是真菌感染導致的尿道炎，可能需要使用兩性黴素B或者伏立康唑等藥物進行抗感染治療。細菌性尿道炎的患者尿路刺激徵嚴重，還可以服用三金片等中成藥幫助改善尿頻、尿急、尿痛的症狀。同時要多喝水，多排尿，沖洗尿道，讓細菌儘快的排出尿道，有利於感染的恢復。細菌性尿道炎的患者，如果尿道口分泌物比較多，還要注意保持清潔，清洗外陰。