尿道炎的後遺症，可能會導致出現尿道旁膿腫，還有可能在炎症的痊癒過程中，出現尿道黏膜的粘連，引起尿道狹窄、尿道梗阻等情況。另外，尿道炎還容易同時併發其他泌尿生殖系統感染，包括上行性地引起膀胱炎、輸尿管炎、腎炎，甚至影響到腎功能。女性容易合併有陰道炎、宮頸炎甚至盆腔炎，男性容易合併有附睪炎、前列腺炎或者精囊炎。

如果是慢性炎症，還有可能會影響到生育功能，導致出現不孕不育等後遺症。因此尿道炎的患者一定要及時進行治療，平時要注意個人衛生，多飲水、多排尿，如果合併尿路結石、尿路畸形，要及時治療。