尿路結石與腎結石的區別可從泌尿系統解剖結構進行分析，通常將輸尿管、腎臟稱為上尿路，而將膀胱、尿道稱為下尿路。實際腎臟處於上尿路範疇，因此腎結石與尿路結石的區別在於二者屬於包含關係，腎結石屬於尿路結石的一類。臨床通常將腎結石與輸尿管結石稱為上尿路結石，而將尿道結石或膀胱結石稱為下尿路結石。

結石所處位置不同其稱呼也不同，針對患者所採取治療方案也有所區別。但多數腎結石和輸尿管結石均可通過患者自行排出到達膀胱，因此部分膀胱結石也可能是由腎結石和輸尿管結石向下移位而來，還有部分膀胱結石可能是由於前列腺增生所引起。