腎結石的位置是在腎內，當結石在腎的不同部位時，表現為不同位置的結石。在腎臟解剖結構裡有腎乳頭，腎乳頭下面有腎小盞，腎小盞彙集成腎大盞，腎大盞再彙集成腎盂，腎盂再和輸尿管連接構成腎盂、輸尿管連接部。結石在腎內，可以停留在腎小盞、腎大盞、腎盂，還可以卡在腎盂跟輸尿管連接處。

結石在不同的部位，臨床表現不同。如果結石僅在腎小盞、腎大盞或者腎盂裡沒有發生移動，患者沒有任何的臨床症狀。有些患者會在尿常規檢測中會發現尿液中紅細胞水平超標，即出現血尿。如果結石出現在腎盂、輸尿管連接部，卡在腎盂和輸尿管連接處就會導致腎臟出現積水，同時患者會出現劇烈的腰腹部疼痛，伴有噁心、嘔吐。