目前腎結石微創手術逐漸進步，併發症的出現率越來越低，但也存在部分併發症的風險，常見併發症如下：

1、腎臟出血：做腎臟做穿刺時，特別是經皮腎鏡時容易造成腎臟出血，通常由於穿刺點穿到腎臟的主要血管，可能出血比較洶湧；

2、輸尿管穿孔或撕脫：在做輸尿管鏡腎結石手術時，可能由於患者輸尿管比較窄，這時可能會造成輸尿管穿孔或最為嚴重的撕脫，即在檢查鏡的抽動過程中，可能將輸尿管內壁的黏膜蹭脫，從而引起比較嚴重的併發症。