微創手術治療前列腺增生一般屬於中低風險手術，風險主要體現在前列腺術後出血。前列腺術後出血發生率大約是2%-5%，輕度出血即尿中帶血或尿呈洗肉水樣，一般可以自愈。隨傷口恢復大約需3-5天，若恢復較為緩慢，一週左右血尿基本可以停止；但是對於出血嚴重的患者需要應用止血藥物，部分可能需要重新通過手術止血，因此出血是前列腺手術後最大的風險之一。

其它風險則包括尿道狹窄、尿失禁、逆行射精等，發生幾率在5%以下。總體而言，微創手術風險較小，但術中風險需要加以重視。術中風險主要是手術時間過長引起稀釋性低鈉血癥，稱為電切綜合徵。但醫生會進行密切關注，所以患者無需擔心。