雜菌性龜頭炎需要進行對因治療。若患者有包皮過長，一定要切除過長的包皮，即進行包皮環切，嚴重水腫期時需暫時推遲手術，要徹底清除局部炎症。包括局部使用抗生素等藥物，還要每天認真清洗，清洗時將包皮翻開，完全清洗冠狀溝，將所有包皮垢清除乾淨，之後塗抹針對性的抗菌素。

部分雜菌性龜頭炎患者合併有黴菌感染，所以需使用抗黴菌的藥物。可能還需使用抗生素，如紅黴素軟膏等抗菌素藥膏，抑黴菌素軟膏以及金達克寧等其它藥物，針對性進行使用。通常用藥5-10天后，等炎症、水腫消失後，再通過手術切除包皮。包皮切除後仍然要保持健康、衛生、良好的生活習慣，每天清洗外陰，定期更換內褲。