包皮龜頭炎危害要根據短期和長期而定。短期感染可引起局部疼痛，特殊病菌如黴菌、支原體、衣原體、皰疹病毒等，有較強傳染性，可能引起其他人傳染。長期反覆出現包皮龜頭炎，可導致包皮跟龜頭明顯粘連，包皮口變狹窄，甚至引起排尿困難，還可導致慢性前列腺炎、尿道炎和膀胱炎，甚至有些人引起腎盂腎炎。部分患者可能引起局部皮膚感覺改變，出現繼發性早洩。還有些人因病毒感染，比如乳頭瘤病毒感染，引起包皮龜頭炎，可明顯增加男性患陰莖癌和女性患宮頸癌機會。反覆包皮龜頭炎，建議必須治療。

包皮龜頭炎對某些病人要注意，比如前列腺炎病人甚至前列腺增生病人，可能和包皮龜頭炎有關。前列腺增生病人因反覆炎症刺激，通過尿道就可引起前列腺局部反覆炎症，炎症刺激久，前列腺可反覆感染，引起局部增生，出現前列腺增生表現。