功能性便秘指沒有發現器質性問題，沒有找到藥物等其它原因，稱為功能性便秘，可以分為慢傳輸型，出口梗阻型以及混合型。慢傳輸型為胃腸道運動較慢造成，出口梗阻是在排便出口處出現問題，混合型為兩種情況都存在。

慢性功能性便秘要區分於器質性疾病，較多器質性疾病可以引起便秘，比如腸道長腫瘤造成消化道梗阻，或者其它炎症等造成消化道梗阻，會出現便秘。腸道本身有其它問題，如神經系統問題，以及內分泌、風溼等全身性疾病，會造成便秘，這些都稱為器質性疾病。

某些藥物引起的便秘，在臨床上也會見到，通過各種檢查，包括做CT、磁共振等影像學檢查，還有腸鏡、內鏡檢查，以及抽血化驗，排除內分泌、電解質等情況。除外上述情況以後，再考慮是功能性便秘。

專科醫生要注意功能性便秘和其它疾病進行鑑別，為腸易激綜合徵的便秘型，這兩個疾病有時較像。