嚴重便秘需要洗腸，即灌腸，因為大便通常堆積在直腸裡，直腸離肛門口較近，直腸的作用是吸收水分，特別是時間較長的便秘，大便較乾結，此時需要灌腸。醫院裡灌腸液通常使用生理鹽水，便秘嚴重的患者洗完腸後不一定立即見效。患者還可以給肛門內注射石蠟油，醫生也會給患者吃石蠟油，石蠟油的作用是潤滑大便，使大便散開，變成小塊進行處理。

灌腸較痛苦，患者應該養成良好的生活習慣，灌腸中會出現各種意外，有時會出現穿孔。小孩比較犟，越小的小孩黏膜越薄弱，若肛管材質較硬，可能會損傷腸黏膜，如果是器質性病變，應儘早就醫，儘早處理。