神經萎縮發生在不同的神經系統，會有不同的治療方案，應明確病因後治療，如中樞神經系統萎縮、周圍神經系統萎縮等。

1、中樞神經系統萎縮：主要表現為腦萎縮，症狀有痴呆、智力減退、記憶障礙、性格改變等。如果是年齡增長導致的自然萎縮，輕者通常不需要進行治療，嚴重者需藥物治療。如果是疾病導致的萎縮，需要明確病因，進行針對性治療。同時，可在醫生指導下應用膽鹼酯酶抑制劑、離子型穀氨酸受體拮抗劑，改善認知功能。日常增加體力勞動和體育運動，增強體質。此外，視神經萎縮可伴有視野變化、視力減退、色覺異常甚至失明等症狀，可應用B族維生素營養視神經，還可使用高壓氧促進視神經功能恢復，如有急性局部壓迫可行手術治療；

2、周圍神經系統萎縮：常見於神經幹損傷後的萎縮，主要會導致肌肉萎縮，出現四肢變細、站立困難、體重下降等症狀，應該加強肢體活動功能訓練，保證每天足夠能量攝入，營養均衡，也可應用營養神經類藥物治療。